El carácter monumental de Begoña se basa en el edificio en sí, de una magnitud que no se entendería fácilmente en función del servicio religioso a una anteigleisa, pero sí como santuario de amplia repercusión en su entorno.

Sobre una ermita primitiva se construyó en el S. XVI el actual templo, trazado por Sancho Martínez de Arego, que fue también aparejador responsable de la obra de San Antón.

Es un templo basilical de tres naves, sin crucero, cubiertas con bóvedas de crucería dentro del S. XVII, coincidiendo con la obra del coro que trazaba Martín Ibáñez de Zalbidea en 1621. Por tanto, las obras duraron un siglo, ya que habían comenzado en 1511.

A lo largo de este siglo de construcción varió algo el rumbo unitario del estilo gótico, pues a mediados del S. XVI la portada principal se formula como un magnifico arco de triunfo manierista, que recuerda mucho obras castellanas de Gil de Hontañón. Lo demás guarda el estilo unitario gótico referido, aunque el coro deja ver el talante clasicista de tracista. En 1835, en la primera Guerra Carlista, se destruyen la fachada y la torre.

La actual fachada a los pies y torre es proyecto de José María Basterra y realiza entre 1902 y 1907, mientras la sacristía actual se construye entre 1900 y 1903.

Desde septiembre de 1993 a junio de 1994 se realizan obras de saneamiento de piedra y se reforma el reloj, carillón y campanas. El reloj carillón consta de 24 campanas (la mayor pesa una tonelada) y fueron construidas en Sumiswald, Suiza. La antigüedad de este carillón data de 1922 y en la actualidad puede efectuar siete melodías.